세무사님의 건설업 특강을 받은적이 있습니다.

공동원가 관련하여 궁금한점이 있던중 167번 질문과 유사하여 다음과 같이 질문을 다시 드립니다.

당사는 대표사이며 공사금액은 100억 지분율은 60%와 을사 40%의 구조인데 실질은 우리회사가 전부 시공을 하고 을사에 이익금만 지급합니다.
이경우 지분율에 의해 공사수익을 인식하고, 공동원가 안분에 의하여 이역시 지분율에 따라 증빙을 발행하고 있습니다.

현행방식) 공동원가 안분을 지분율로 하다가 준공 몇 개월전부터 지분율을 조정을 하여 정산차이 조정 하고 있음
             문제점  : 준공 몇개월전에 가서 지분율 조정시 기존에 원가안분 금액이 크게 차이가 나면 조정하기 힘듬

질문1)  공사원가를 계약상 지분율대로 인식하고 추후 정산차이를 세금계산서로 발행하여 조정하면 되는지?
         가. "을"사에 공동원가 과소 안분 되었을 경우 : "대표사"가 "을"사를 공급받는자로 하여 세금계산서 발행("을"사의 매입으로 조정)
         나. "을"사에 공동원가 과대 안분 되었을 경우 : "을"사가 "대표사"를 공급받는자로 하여 세금금계서 발행("을"사의 매출로 조정)

질문2) 현행 방식으로 하면 세법상 어느부분에서 문제가 되는지?